Transporta nelaimes gadījumu un incidentu izmeklēšanas biroja dibināšana ir tieši saistīta ar starptautisko normatīvo aktu prasībām visām ES dalībvalstīm izveidot neatkarīgu transporta negadījumu izmeklēšanas institūciju, un arī biroja attīstības vēsture ir cieši saistīta ar starptautisko normatīvo aktu attīstību un ES dalībvalstu darbību to ieviešanā arī nacionālajā likumdošanā.
Biroja pirmsākumi saistās ar 2005. gada 21. decembra Ministru kabineta rīkojumu Nr. 822, saskaņā ar kuru ar 2006. gada 1. janvāri tika izveidots Aviācijas nelaimes gadījumu un incidentu izmeklēšanas birojs. Nākamais Biroja attīstības posms sākās 2006. gada 12. decembrī, kad ar Ministru kabineta rīkojumu Nr. 953 “Par smagu dzelzceļa avāriju izmeklēšanas institūciju” Aviācijas nelaimes gadījumu un incidentu izmeklēšanas birojam tika pievienota smagu dzelzceļa avāriju izmeklēšanas funkcija. Birojs jauno funkciju sāka veikt ar 2007. gada 1. aprīli, un arī tolaik Birojs ieguva arī tā pašreizējo nosaukumu. Savukārt 2011. gada 1. jūnijā saskaņā ar Jūrlietu pārvaldes un jūras drošības likumu Biroja funkcijas tika papildinātas arī ar jūras negadījumu un incidentu izmeklēšanas funkciju.